◎ 設立緣起
1950年，南部大會事務所首先籌設歷史資料室，搜集重要史料。起初，有早期會友受洗記錄64冊，及南部中會、大會議事錄和宣教師的日常用品等。

1957年，史料室的文物遷到台北市中山北路的總會事務所保管。當時，珍藏了黃武東牧師負笈英國期間，尋獲有如至寶的 Presbyterian Messenger 期刊合訂本40冊。後來，在巴克禮牧師娘的妹妹家中找到珍藏的文物，有蕃仔契和新樓與台南神學院的地契等。還有，甘為霖牧師女兒甘真珠姑娘 (Miss Margaret Campbell )，也親贈五本曠世巨著：Handbook of the E.P. Mission in Formosa、Sketches from Formosa等。

1965年，慶祝基督教在台設教百週年紀念，於台南神學院舉辦總會歷史文物展。展覽結束，所有史料即編列清冊，歸屬總會資料室保管。

1966年，總會事務所搬至台北市長春路，即因遷移時部分資料不慎散失。

1976年，總會成立歷史小組，並自台北長春路再度搬遷至台南神學院內的巴克禮樓，成立了台灣基督教長老教會歷史資料館。然總會與神學院，當時均無史料館的人事、維護費之預算編列。故在長期經費不足下，館舍老舊失修，文物資料遭逢雨漏浸溼，及偷兒無情的搜括，書籍又年久被蟲蠹蝕，珍貴史料殘破不堪，令人惋惜。

1987年，長榮中學蘇進安校長擔任總會歷史委員會委員之後，深覺必須及時設法保存這些典籍、文物和史料，以免繼續惡化毀壞。當年，得到總會同意，於颱風來臨前夕，由長榮中學百年史編輯室的同仁 (張牧. 阮綠茵. 葉瑞鈺)和兩位工友趕緊搶救搬遷。所有的文物運到長榮中學校史館 (舊址)，並利用館內的一半空間先展出部分史料。浸濕的典籍和不堪展出的文物，經連日曝曬晾乾，另存放在特別教室內。後來，黃武東牧師由美國回來，承蒙他到學校多次指導，再由編輯室同仁分類、整理就緒。

1990年6月，長榮中學校史館遷至新落成的第二實習大樓的五樓。教會史料也就同時與長榮中學校史館的文物在同一樓展出。

教會史料館分為下列四部分
1. 庫 房: 收藏完整及未完整史料。
2. 閱讀室: 登記後，可在館內閱讀。（勿攜出本館）
3. 展覽室: 展示完整的史料、文物。
4. 辦公室 

本館，主要是展出19世紀英國基督長老教會來台宣教傳福音，其無私奉獻的精神與不懼艱難的心路歷程。希望，懷舊的氛圍中在品覽典藏文物之勝與，能緬懷先人們篳路籃褸的精神，臻於啟示與教育的意義。

竭誠歡迎，諸位校友、各界人士蒞臨指教。並懇請提供或捐贈相關史料，使本館的收藏更為充實豐盈。